Die erste urkundliche Erwähnung datiert aus dem Jahr 1185. Die örtlichen mittelalterlichen Besitz- und Rechtsverhältnisse waren kompliziert. Einerseits unterstand das Gebiet der habsburgischen Hoch- und Blutsgerichtsbarkeit, anderseits besassen die Klöster Muri und Frauenthal, sowie das Stift St. Leodegar in Luzern mit dem Kelnhof Lunkhofen bedeutende Ländereien und Rechte. Bereits 1305 ist der Name Isbolzberg belegt. Mit der Eroberung des Aargaus durch die Eidgenossen erwarb sich 1415 auch die Stadt Zürich etliche Rechte. Dieser Einfluss war vor allem während der Reformation spürbar, als Islisberg innert kurzer Zeit die Religionszugehörigkeit zweimal wechseln musste. Nach der Helvetik wurde Islisberg 1803 zusammen mit Arni als Doppelgemeinde dem neu geschaffenen Kanton Aargau einverleibt.
Das bereits damals gewährte Selbstbestimmungsrecht manifestierten die beiden Ortsgemeinden Arni und Islisberg durch eigene Ortsgemeinderäte, Schulpflegen, Steuer- und Bauhoheit. 1974 forderten sie in einer Abstimmung die Bildung einer eigenständigen Gemeinde. Der Grosse Rat des Kantons Aargau lehnte dies 1978 zunächst ab, da es noch keine gesetzlichen Grundlagen dafür gab. 1982 folgte der Schritt zur Trennung, welcher dann vom Grossen Rat oppositionslos bestätigt wurde. Die Trennung wurde am 1. Januar 1983 vollzogen.
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Seither ist die Einwohnerzahl um das Dreifache auf ungefähr 620 Einwohner angewachsen. Mit dem Anstieg der Einwohnerzahl wurden laufend Anpassungen der Infrastruktur realisiert. Islisberg verfügt seit 2000 über ein Schulhaus und ab 2017 über eine neue Turnhalle. Dies unterstreicht die Eigenständigkeit der Gemeinde.
Als attraktiver Wohnort ist Islisberg durch seine Nähe zur Stadt Zürich und die gute Verkehrslage prädestiniert. Durch das Knonaueramt sind Zug und Luzern rasch erreichbar. Islisberg zeichnet sich durch Ruhe und Beschaulichkeit aus und bietet seinen Einwohnern nicht nur eine Wohnstätte sondern eine Heimat.